Агротехнический метод заключается в подборе таких видов и сортов, чтобы они не поражались болезнями и вредителями, свойственными данному региону. Например, если в вашем районе каждый год наблюдается вспышка мучнистой росы барбариса, но посадить его хочется, то лучше отдать предпочтение виду с зелёными или жёлтыми листьями — они поражаются мучнистой росой во много раз реже.
В районах со вспышками ржавчины пятихвойной сосны можно вместо сосны Веймутова посадить сосну румелийскую, а в очагах вспышки мучнистой росы дуба посадить дуб красный, не подверженный этой болезни.
Этот метод также заключается в пространственной изоляции растений, которые могут друг друга перезаразить различными болезными, например, лиственницу и березу, грушу и можжевельник казацкий.